A inclusão da variável ambiental no âmbito das ações de criação e promoção do desenvolvimento sustentável dos assentamentos da reforma agrária indica mudança significativa na forma de atuação Incra. Os elementos orientadores desta política são o respeito às diversidades ambientais, à promoção da exploração racional e sustentável dos recursos naturais e a utilização do sistema de licenciamento como instrumento de gestão ambiental dos assentamentos.Os procedimentos foram definidos pela resolução do Conselho Nacional do Meio Ambiente – Conama - nº 289/2001 para o desenvolvimento sustentável e melhoria contínua na qualidade de vida dos assentados. Além da legislação vigente, o Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA) e o Incra criaram os seguintes instrumentos para a proteção do meio ambiente:

• Portaria MEPF nº 88/99, que direciona as obtenções de terras incidentes nos ecossistemas Floresta Amazônica, Mata Atlântica, Pantanal e demais áreas ambientalmente protegidas para áreas já antropizadas;
• Portaria Incra nº 477/99, alterada pela Portaria nº 1038/02, que aprova a criação dos Projetos de Desenvolvimento Sustentável (PDS);
• Portaria Incra nº 627/87, que cria a modalidade de Projeto de Assentamento Extrativista (PAE);
• Portaria Incra nº 1141/03, que cria a modalidade de Projeto de Assentamento Florestal (PAF);
• Portaria Interministerial MDA/MMA nº 13/02, que reconhece as Resex como beneficiárias do PNRA;
• Norma de Execução nº 39/2004, que estabelece critérios e procedimentos ao serviço de Assessoria Técnica, Social e Ambiental à Reforma Agrária (Ates). :: Normas de Execução nº 43 e 44/2005, que estabelecem critérios, procedimentos e valores referentes à implantação de projetos de recuperação e conservação de recursos naturais em áreas de assentamento da reforma agrária.