Em julho de 1997, foi realizado o I Encontro Nacional das Educadoras e Educadores da Reforma Agrária - ENERA, resultado de uma parceria entre o Grupo de Trabalho de Apoio à Reforma Agrária da Universidade de Brasília -GT-RA/UnB, o Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem-Terra - MST, representado pelo seu Setor de Educação, e o Fundo das Nações Unidas para a Infância – UNICEF, Fundo das Nações Unidas para a Ci~encia e Cultura - UNESCO e CNBB.

Os participantes concluíram ser necessária uma articulação entre os trabalhos em desenvolvimento, bem como sua multiplicação, dada a grande demanda dos movimentos sociais por educação no meio rural e a situação deficitária da oferta educacional no campo, agravada pela ausência de uma política pública específica no Plano Nacional de Educação.

Em dois de outubro do mesmo ano, representantes de universidades -Universidade de Brasília -UnB, Universidade Federal do Rio Grande do Sul -UFRGS, Universidade do Vale do Rio dos Sinos -UNISINOS, Universidade Regional do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul - UNIJUI, Universidade Federal de Sergipe -UFS e Universidade Estadual Júlio de Mesquita Filho - UNESP — reuniram-se na UnB para discutir a participação das instituições de ensino superior no processo educacional nos assentamentos. Examinadas as possíveis linhas de ação, decidiu-se dar prioridade à questão do analfabetismo de jovens e adultos, sem ser excluído o apoio a outras alternativas. As razões para essa opção foram:

• O alto índice de analfabetismo e os baixos níveis de escolarização entre os beneficiários do Programa de Reforma Agrária;
• A preferência do Ministério da Educação pela política de reforço do ensino regular; tendência verificada entre os dirigentes municipais de considerar os assentamentos áreas federais e, portanto, fora do âmbito de sua atuação.

Ao fim do encontro, foi eleito um grupo para coordenar a produção do processo de construção de um projeto educacional das instituições de ensino superior nos assentamentos. Foi elaborado um documento apresentado no III Fórum do Conselho de Reitores das Universidades Brasileiras, nos dias 6 e 7 de novembro de 1997.

Em 16 de abril de 1998, por meio da Portaria Nº. 10/98, o Ministério Extraordinário de Política Fundiária criou o Programa Nacional de Educação na Reforma Agrária – PRONERA, vinculando ao Gabinete do Ministro e aprovou o seu Manual de Operações.

No ano de 2001, o Programa é incorporado ao INCRA. É editada a Portaria/INCRA/nº 837, aprovando a edição de um novo Manual de Operações.

Em 2004, frente à necessidade de adequar o PRONERA as diretrizes políticas do atual Governo, que prioriza a educação em todos os níveis como um direito social de todos, foi elaborado o Manual de Operações, aprovado pela Portaria/INCRA/Nº 282 de 16/4/2004.